饮料生产线内部无菌环境的建立和维持，在无菌水冲瓶、无菌物料灌装和封盖设备上，根据不同区域的洁净度要求，设置不同的空气正压，即洁净度要求高区域的空气压力大于洁净度要求低的区域，使可能有污染的空气不会进入高洁净度要求的无菌空间。
包装物的无菌处理。目前用于无菌灌装瓶子的杀菌方法有：喷淋法、喷雾法和灌注法。由于国内厂家较难将瓶子的初始染菌程度控制到较低的指标，所以选用杀菌可靠性较高的灌注法对瓶子内部进行灭菌处理，瓶身外部采取喷淋法冲洗杀菌，并在杀菌保持时间上留有充分的余地，可以确保达到商业灭菌要求。
目前用于无菌灌装的盖子杀菌方法有：喷冲法、喷雾法和紫外线照射法。选用杀菌可靠性较高的消毒液喷冲法对盖子进行灭菌处理，在杀菌保持时间上也留有充分的余地。
物料及物料通道的无菌处理。灌装用的物料采用超高温自动瞬时杀菌(简称UHT)设备进行灭菌，该方法既可以有效的对物料进行杀菌，又可以减少物料经过长时间受热，导致产品风味发生变化，是目前最通用的效果最好的物料灭菌方法，灭菌的效果可以确保达到商业无菌要求。
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